安徽医科大学附属阜阳医院是一所集医疗、教学、科研、康复、保健、预防为一体的省级公立三级综合医院，属安徽医科大学直属附属医院。
医院现已开设37个临床科室（心血管内科、肾脏内科、内分泌科、风湿免疫科、消化内科、急诊内科、神经内科、呼吸内科、血液内科、肿瘤内科、肿瘤放疗科、普外科、神经外科、心胸外科、泌尿外科、急诊外科、骨科、耳鼻咽喉头颈外科、口腔颌面外科、眼科、重症医学科（ICU）、急危重症医学科（EICU）、皮肤科、感染科、妇科、产科、儿科、新生儿科、烧伤整形创面外科、康复医学科、介入科、中医科、全科医学科、麻醉科、精神科（门诊）、疼痛科（门诊）、老年医学科（门诊））和18个医技科室（放射科、超声诊断科、心电诊断科、核医学科、检验科、输血科、药剂科、病理科、内镜中心、肺功能室、肌电图室、脑电图室、营养科、中心手术室、消毒供应中心、血液净化中心、介入中心、门诊手术室）。
