南京医科大学是国家“双一流”建设高校，首批教育部、国家卫生健康委与江苏省人民政府共建医学院校，江苏高水平大学建设高峰计划A类建设高校。
学校现有一级学科博士学位授权点8个、二级学科博士学位授权点54个、交叉学科博士学位授权点5个、专业博士学位授权点2个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点65个；博士后科研流动站6个，学位授权点覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学7个学科门类；拥有国家重点学科3个、国家重点（培育）学科1个、国家临床重点专科29个、江苏高校优势学科（三期）6个。在全国第四轮学科评估中，公共卫生与预防医学获评A+等级，临床医学、基础医学、口腔医学、护理学获评B+等级，药学获评B等级；9个学科位列ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科、药理学与毒理学学科位列ESI全球排名前1‰。
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