江苏省血吸虫病防治研究所成立于1950年7月，1959年12月中国医学科学院江苏分院寄生虫病研究所并入本所，启用“江苏省寄生虫病防治研究所”称谓，实行“一套班子两块牌子”管理，为省属公益一类事业单位，主要承担全省血吸虫病、寄生虫病防治及突发事件应急处理、医学基础和应用技术研究、科技情报信息服务、技术培训与科学普及等职能。作为全省血吸虫病和寄生虫病的防治、科研和培训的技术指导中心，长期以来，在指导开展全省血吸虫、寄生虫病防治工作的同时，研究所致力于防治策略及适宜技术的研究和推广。
2021年起，所内设置血吸虫病室、疟疾室、丝蠕虫病室、信息（健教）中心、全球卫生中心（援外项目办公室）、编辑部、门诊部、中心实验室、办公室、组织人事科、财务科、纪检办公室、科教科、行政（安保）科和培训服务中心共15个科室和2个科研创新团队。
