昆明航空于2007年2月25日获得中国民航局批准筹建，2009年1月获得《公共航空运输企业经营许可证》，主要经营航空客货运输业务，主基地设在昆明。 昆明航空公司以昆明长水国际机场作为自己的基地机场，主要经营范围是国内支线航空客货运输业务。
2020年10月，被评为全国交通运输系统抗击新冠肺炎疫情先进集体。
昆航作为云南唯一家本土航空企业，制定了“三五七”15年战略发展规划，即：第一阶段3年规划（2008-2010年）达到10架飞机运力规模。以昆明为主要运营基地，开辟覆盖云南省内各机场、国内省会城市以及经济发达城市的航线，逐步扩展 以昆明为核心覆盖东盟的国际航线，构建干支结合航线网络。5年规划（2010-2015年）达到20-25架飞机运力规模，新增西安、广州两个运营基地，开辟国内主要城市航线和部分国际航线，构建干支为主、支线为辅的航线网络。第三阶段七年规划（2016-2022年）达到60-70架飞机运力规模，再新增天津、杭州两个运营基地，重点开辟国际航线、完善省内和国内航线，构建国内和国际并重的航线网络，成为云南航空市场和国内排名前十的航空公司、东南亚以及南亚等国际旅客进出中国的首选。
