江苏省疾病预防控制中心主要有急性传染病防制、慢性传染病防制、慢性非传染病防制、性病与艾滋病防制、免疫规划、消毒与媒介生物防制、食品安全与评价（含学生常见病防制）、环境疾病（地方病）防制、放射防护、职业病防治、毒理与功能评价、理化检验、病原微生物研究、健康教育与健康促进、公共卫生信息等专业部门，主办《江苏预防医学》、《江苏卫生保健》杂志。
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