北京大学深圳医院坐落在深圳美丽的莲花山畔，是深圳市政府投资建成的集医疗、教学、科研、预防和保健为一体的现代化三级甲等综合性公立医院。医院于1999年底建成开业，2001年3月医院正式更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，成为北京大学非直属附属医院。2011年被评为三级甲等医院，2017年通过三级甲等医院复审，同时成为广东省“智慧医院建设单位”。2018年12月，成为建立健全现代医院管理制度国家试点医院。2019年通过国家电子病历系统应用水平分级评价六级。医院医疗质量连续14年在深圳排名第一或A级，在2018届粤港澳大湾区最佳医院50强位居32。2019年7月，医院入选广东省高水平医院建设单位。
